Tout d’abord, sous l’Empire byzantin de 330 apr. JC à 1453, Sainte-Sophie était une basilique de Constantinople, érigée au 6e siècle par l’empereur Justinien. Achevée et inaugurée en 537, Sainte Sophie est rapidement surnommée « la grande Église » au vu de ses dimensions et de sa majestueuse coupole qui est un véritable exploit architectural. Elle est la plus grande construction religieuse du monde byzantin. Sainte-Sophie acquiert un statut politique : elle est devenue le plus important lieu sacré des chrétiens d'Orient et le centre de la vie politique de l'Empire byzantin. Ainsi, cette basilique illustre un symbole d'unité entre les chrétiens.
Cependant, en 1453, Constantinople tombe aux mains des Ottomans. Ces derniers, impressionnés par cet édifice, décident de ne pas le détruire mais de le transformer en mosquée. Sur ordre du sultan Mehmed II, le bâtiment est adapté aux usages de l'Islam. Ils ajoutent alors quatre minarets à l'extérieur et des panneaux circulaires, ornés de calligraphies avec des passages du Coran, à l'intérieur. L’islam domine dans l’Empire ottoman.
Mais, après l’effondrement de l’Empire en 1923, le président de la jeune République turque, Mustafa Kemal Atatürk, décide en 1934, d’offrir « Sainte-Sophie à l’humanité » en la transformant en musée. Ainsi, l’ameublement a été enlevé, et les cadres contenant des versets coraniques ont été dépendus des murs. Cette transformation incarne alors "la laïcisation du pays et la promotion de l'universalisme occidental”. En effet, le but d'Atatürk était de neutraliser ce lieu et garantir un nouveau rapport qui est la modernisation du pays afin de se détacher de l’histoire ancienne. De ce fait, Sainte-Sophie a définitivement cessé d’être un lieu de culte musulman et est ouverte au public, comme musée.
Toutefois, la laïcisation de l’édifice n’a jamais été acceptée par les milieux islamistes qui veulent entretenir le roman national ottoman notamment le président turc actuel Recep Tayyip Erdogan, qui le 10 juillet 2020, publie un décret transformant l’édifice en une mosquée. Ce dernier a récité le Coran et a prié la joumou'a pour la réouverture au culte de la mosquée Ayasofya après 86 ans de musée. Ce dernier adopte une posture politique nationaliste et axée sur l’Islam.
Ainsi, des tensions naissent. En effet, la réislamisation de Sainte-Sophie est un symbole fort qui permet de s’allier les Turcs nationalistes et conservateurs qui constituent son socle électoral. Pour eux, la nation turque est indissociable de l’Islam et muséifier des mosquées revient à les « déturquiser ».
C’est aussi une affirmation de la Turquie sur la scène internationale, capable d’assumer une politique de puissance en Méditerranée orientale et de défier les Occidentaux.
À l'échelle internationale, certains États ont réagi. Le gouvernement grec a qualifié la décision turque de « provocation envers le monde civilisé ». « Le nationalisme dont fait preuve le président Erdogan ramène son pays six siècles en arrière », a estimé dans un communiqué la ministre de la culture grecque Lina Mendoni. En France, le ministre des Affaires étrangères a déclaré qu’il « déplorait la remise en cause de l’un des actes les plus symboliques de la Turquie moderne et laïque ».
La Directrice générale de l’UNESCO, Audrey Azoulay, regrette vivement la décision des autorités turques, prise sans dialogue préalable, de modifier le statut de Sainte Sophie. Elle a fait part de sa profonde préoccupation à l’ambassadeur de Turquie auprès de l’UNESCO.
À l'échelle nationale, pour la petite minorité chrétienne du pays, syriaque ou orthodoxe, c’est une preuve de plus de son exclusion de la nation turque. Ce qui a fait réagir le pape François qui s’est dit « très affligé » par la conversion. En Turquie, les milieux kémalistes, partisans de la laïcité, ont déposé des recours en justice, en vain.
À ce jour, c'est un haut lieu du tourisme à Istanbul, le musée attire chaque année plus de 3 millions de visiteurs. C’est un musée et une mosquée, depuis janvier 2024, les accès sont séparés : une entrée pour le culte (gratuite) et une pour les touristes (payante, menant à la galerie supérieure, en dehors des heures de la prière). Sainte-Sophie est une composante des Zones historiques d'Istanbul inscrite au patrimoine mondial de l'UNESCO.